Качаем с сайта sun.com jdk-6u11-nb-6_5-windows-ml (JDK 6 и NetBeans 6.5) как раз то что нужно.
Создаем проект, суем туда исходники GD. Открываем файлы f.java и l.java. Вообщем тут желательно знание Java, но в принципе можно обойтись и без этого.
Ищем строки в открытых файлах строки типа j._ifIIV(0, 170, 0);, j._ifIIV(0, 255, 0);. Будем считать, что вы знаете, что такое 0, 170, 0 и 0, 255, 0 (цвет в RGB). Меняем этот цвет на нужным нам (например, j._ifIIV(25, 40, 200);), сохраняем, компилируем. Получаем *.class файлы с уже измененным цветом треков.
Дерзаем